腸道擁有多種正常菌群，維持著腸道的正常功能，但是長期使用廣譜抗生素或腎上腺皮質激素等藥物，或者是消化道某些疾病誘發，都會使腸道內的真菌大量繁殖，破壞腸道正常的菌群平衡，從而使真菌寄生于腸黏膜引起腸炎。
而真菌性腸炎因為致病菌的不同分為以下幾種，其臨床表現也不盡相同：
1.念珠菌腸炎
是由白色念珠菌導致的，比較常見，多發于兒童，營養不良、體弱的嬰兒更容易患病。主要表現為腹瀉，伴有腹脹、低熱，甚至嘔吐，但少見腹痛。
2.曲菌腸炎
多為煙曲菌所致，往往不為單發疾病，往往繼發于其他基礎型病。臨床表現以腹痛和血便為主，腹瀉并不常見。
3.毛霉菌腸炎
一般因攝入被真菌孢子污染的食物引起，容易引起黏膜潰瘍甚至穿孔，多伴有胃的感染和胃潰瘍，腹痛、腹瀉、嘔血和黑便都會出現，營養不良的兒童或有胃腸道慢性疾病的患者尤其容易患病。
4.組織胞漿菌腸炎
具有地方流行性，發病人群特殊，吸入或攝入來自污染土壤中的孢子都會導致。起病緩慢，有發熱、消化不良、腹瀉、黑便、腹痛等臨床表現，癥狀與局限性腸炎或潰瘍性結腸炎類似。
5.副球孢子菌腸炎
繼發于肺部感染灶或經血行播散而感染。地域性強，主要癥狀是腹痛，伴腹瀉、嘔吐。
6.地絲菌腸炎
地絲菌腸炎多見于有免疫缺陷的慢性病患者和應用免疫抑制藥、抗生素或糖皮質激素者。癥狀有腹痛、腹瀉、膿血便或黏液便，與痢疾相似。
對于真菌疾病的檢測，臨床上常用的、比較方便的就是鏡檢法檢測，青島三凱醫學科技有限公司研發的真菌熒光染色液就是應用于臨床鏡檢真菌染色的，適用于多種標本，能夠檢測淺部真菌及深部真菌，識別度好，陽性檢出率超高，有助于真菌疾病的檢測診斷。