肺部真菌感染的確診往往需要結合檢查結果和臨床診斷共同判斷。檢查一般是對標本直接鏡檢或真菌培養檢查，確定真菌的存在及鑒別致病菌的種類，一般通過血、支氣管肺泡灌洗液和肺部組織學檢查、痰標本檢測以及胸片是否提示有滲出性改變等臨床檢查來實現。
因為在鏡檢的過程中，致病菌特性各異，可能存在錯檢、漏檢的情況，因此尋求一種方法使真菌更易觀察就顯得尤為重要、青島三凱醫學科技有限公司研發生產的真菌熒光染色液就滿足了這一要求，對于臨床檢測確診真菌意義重大。
其實肺部真菌感染臨床表現無明顯特異性，幾種常見肺部真菌感染的診斷如下：
1. 肺念珠菌病，粒細胞缺乏、中心靜脈留置導管、腹部大手術、激素和抗生素治療、糖尿病、腎功能不全、器官移植等人群多發此癥。臨床癥狀與流感相似，咳嗽會帶有少量白色黏液痰或濃痰。除了痰液，在下呼吸道分泌物、肺組織、胸水、血直接涂片或培養出念珠菌才可確診。
2.肺曲霉病分為3種類型：過敏性支氣管肺曲霉病，有反復哮喘樣發作，過敏者多發；曲霉球，最常見癥狀是咯血；侵襲性肺曲霉病，在治療過程中引起發熱、干咳、胸痛，咯血等反應癥狀。
3.肺隱球菌病，早期無癥狀，后期表現為急性肺炎癥狀，無特異性，不同變種菌導致的癥狀各不相同。
4.肺孢子菌肺炎常見于艾滋病患者和其他原因的細胞免疫抑制患者，較明顯的表現為發熱、干咳和漸進性呼吸困難、低氧血癥。
肺部真菌感染的臨床癥狀無明顯特異性，因此診斷過程中需與其它存在類似癥狀的病癥區分開，對癥下藥才更有效果。